子育て支援事業は創立当初3歳児クラスのみの認可外保育施設「つぼみクラス」としてスタートしました。当初より手厚い保育と丁寧な対応で好評をいただき、障がい児や外国籍園児など多くの入園希望者を受け入れてきました。好意で貸与されている、つくばキリスト教活動センターの利用枠が増加した2006年頃から、徐々に対象年齢を拡大していきました。

東日本大震災の時は、社会福祉協議会の準備が整うまでの緊急対応を請け負い、いわき市方面から殺到した避難民に対して支援活動を行いました。この信用によって、支援学校への職員の派遣や、社会福祉協議会等の催し物への派遣など協力関係が2010年頃から徐々に築かれていきました。また、他の社会福祉施設や障がい児の団体等との協働も始まりました。
その間にも経常外の活動として、震災支援のチャリティーの思いを込めた「絆のバザー」を毎年開催し、郡山市近隣の被ばく線量の高い地域の児童を招待するキャンプ「スマイルキャンプ」を5年間に亘り実施しました。

2015年につくば国際会議場に隣接の商業ビルを購入し、待機児童の多い幼児保育・学童保育に力を入れ、認可外保育施設「茨城YMCA幼保園」として3-5歳児の3年保育に移行。2018年には小規模保育施設「YMCAつくばオリーブ保育園」の認可を受けました。長年支援を続けてきた障がいのある子どもの受け入れや、外国籍の家庭の利用も積極的に受け入れ、この地域にあってより手厚い支援を必要としている家庭に寄り添ってきました。2019年には、牛久オリーブ保育園の認可保育園の開設となり、牛久市においても保育の必要を満たす働きに従事しています。

つくば市内外の市民の生活に密接に関わる活動を展開し、子ども子育て支援の、親子参加の「こひつじクラブ」(無料)を実施し、困難さを抱えるより多くのご家庭に支援を広げています。

2020年には牛久市において、県の子ども子育て支援事業の子育て広場を開設することが認可され、毎回予約があふれキャンセル待ち余儀なくされるほど好評をいただいています。

2024年6月、社会福祉法人茨城YMCA福祉会がつくば市より認証され、保育事業として2025年4月からつくば市谷田部においてYMCAみどりのつぼみ保育園（96名定員、つくば市認可保育園）を開園しました。

つくば市は2035年まで近隣都県より人口流入が続き、生産年齢人口が増え続けることが予測されています。これまで拠点としている（東新井、みどりの、牛久）学童保育事業の更なる発展、社会福祉法人として開始する保育事業、加えて発達障がい児支援事業等に対する地域ニードに応えるべくさらに事業の充実と発展を目指しています。