入学後 6ヶ月以降、学業成績および生活態度が優秀であると認められる学生には、学校規定による奨学金の支給、または授業料減免の制度があります。
6ヶ月毎に選抜します。
対象は、
　※YMCA東京日本語学校に入学して 6ヶ月経過した者
　※留学ビザを持っている者
　※出席率が100％の者（遅刻・早退のない者）
　※成績優秀な者（試験・宿題・提出物・授業態度などの総合評価）
　※品行方正である者（授業態度・学校生活など）

以下の場合は奨学金の支給を打ち切ります。
　※退学・除籍になった場合
　※正当な理由が無く毎月の出席率が85％を下回った場合

日本で進学を前提に日本語を学んでいる学生を対象に、文部科学省から学習奨励費の名目で、選抜により奨学金が支給されます。
対象は、
　※留学ビザを持っている者
　※日本において進学を前提として日本語を学んでいる者

毎年 4月末にYMCA東京日本語学校において推薦を行います。
その後 6月下旬に支給が決定された場合、月額 48,000円が 12ヶ月支給されます。